平成25年度の全日本選手権大会（７校）及び清瀬杯大会（4校）への出場資格は以下の通りです。
日本大学（東都リーグ）、早稲田大学（東京六大学リーグ）の2校は関東選手権大会において優勝しているため、全日本選手権大会への出場が決定しています。
１次トーナメントのA、B、Cブロックの勝利3校は全日本選手権大会に出場します。1次トーナメントで敗れた大学は2次トーナメントに出場します。
2次トーナメントのA、Bブロックの１位校（2校）は全日本選手権大会に出場します。2位校（2校）は清瀬杯大会へ出場できます。2次トーナメント1回戦敗戦校は、敗者復活トーナメントに出場し、勝利すると清瀬杯大会に出場（2校）する資格を得られます。